Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin mula dibina pada 5 April 2004 dan telah diserahkan pengurusannya kepada pihak Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (Jakim) pada 19 Ogos 2009.
Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin terletak di Presint 3, Putrajaya bersetentangan Istana Kehakiman atau “PALACE OF JUSTICE”. Lokasi masjid yang strategik dan menarik, di tepi tasik Putrajaya akan menjadi tarikan pengunjung dalam dan luar negara. Kilauan dan limpahan cahaya lampu pada waktu malam pastinya akan membuatkan pemandangan bertambah indah bagi pengunjung yang menginginkan kedamaian dan ketenangan jiwa.
Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin boleh memuatkan 20,000 orang jemaah dalam satu- satu masa dibina untuk tujuan sebagai pusat ibadat yang selesa dan pusat perkembangan ilmu kepada masyarakat sekitar dan luar negara. Juga diharapkan turut berperanan dalam menyebarluaskan usaha dakwah serta menjadikannya sebagai sebuah institusi pelancongan ibadah antarabangsa.
Masjid yang bernilai RM 200 juta ini merupakan satu-satunya masjid yang pembuatannya menggunakan 6000 tan besi atau 70 peratus bahan binaan dengan baki 30 peratus konkrit. Komponen utama pembinaan masjid ini ialah bangunan masjid dan Kiblat Walk iaitu laluan pejalan kaki yang menghubungkan Kompleks Perbadanan Putrajaya (PJC) dengan Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin.
Masjid ini mempunyai 3 konsep rekabentuk iaitu “angin, sederhana dan telus”. Bahagian dalam dewan solat utama tidak menggunakan kipas atau penghawa dingin sebaliknya menggunakan teknologi gas penyejuk udara “Gas District Cooling”. Berhampiran ruang solat utama turut dikelilingi kolam air sudah pasti membuatkan para pengunjung dapat menikmati suasana udara segar yang dingin dan nyaman.
Rekabentuk dalaman yang unik Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin dengan tulisan ayat-ayat al-Quran yang dilakarkan dalam lapisan kaca setinggi 13 meter yang ideanya terhasil daripada campuran kesenian Jerman dan China. Bahagian kanan cermin dinukilkan ayat 40 hingga 47 surah Ibrahim manakala dibahagian kiri ayat 148 hingga 153 surah al-Baqarah. Pintu utama menuju ke ruang solat utama pula kelihatan ukiran ayat 80 surah al-Isra’ dan pintu gerbang utama diperbuat daripada binaan konkrit putih yang dilatari tulisan kaligrafi 99 nama Asma’ Ul-Husna.
Kubah masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin diperbuat daripada besi tahan karat, dewan solat utama dikelilingi dengan marshrabiyah screen yang terdiri daipada “lattice” dan “architectural metallic wailing screen” yang berfungsi sebagai telus cahaya dan angin. Selain itu, masjid ini mengunakan teknologi ultrasonic yang digunakan sebagai penghalau burung daripada memasuki masjid.
Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin mempunyai identitinya yang tersendiri. Senibinanya dibina tidak mengikut senireka Arab sebaliknya campuran kesenian Jerman dan China. Idea seni yang unik memperlihatkan kalimah “ALLAH” daripada pandangan bawah bahagian dalaman kubah. Selain itu, masjid ini dengan tidak mempunyai menara berbanding dengan masjid-masjid lain.